仲裁庭认为，申请人投入的资金已转化为在建中的建筑物，如果在建中的建筑物有一定增值的被申请人应给予相应比例的经济赔偿。本案申请人投入资金主要是在建中的多层和高层房屋。多层房屋目前正在建设中尚未竣工，且该多层房屋均是危棚改建的动迁用房，并不存在增值问题。高层建筑(即9#、10#)投入的资金仅仅用于该高层建筑物的桩基上，该高层建筑物既未建成，也没有增值。故仲裁庭对申请人要求被申请人赔偿申请人应得的合法利润的请求，不予支持。

　　关于因停工而产生的经济损失赔偿问题。从本案查明的事实来看，协议书履行中申请人自1995年12月28日至1997年11月11日期间依照协议书的约定独自全面实施该基地的改造工作，这期间，并没有停工的损失问题。1997年11月11日申请人自行决定退出柳营路项目改建工作后，该改建工程才处于停工状态。申请人觉得停工后，理应妥善出来申请人与案外人的工程施工合同关系，以减少不必要的经济损失，申请人未妥善处理，而造成的经济损失，应由责任人自行负责处理。故仲裁庭对申请人要求被申请人承担因停工而发生的经济损失的请求依据和理由，不予认定和采信。

　　关于因停工而发生参建房屋违约金支付问题，仲裁庭认为申请人与案外人签订的房屋参建合同，是申请人与案外人的另一法律关系，与本案不是同一法律关系，不属本案审理范围。申请人要求被申请人承担因申请人违约而应支付给案外人的违约金的请求，既没有合同的依据，也没有法律依据，因此仲裁庭不予支持。

　　申请人与被申请人于1995年12月29日签订的补充协议书被确认为无效合同后，补充协议书约定的由申请人支付补偿费用的约定不再履行，被申请人依据该补充协议书取得的财产理应返还给申请人，被申请人早期投入的10317985.17元资金，因协议书无效而产生的经济损失由被申请人自行承担。

　　四、以现行的法律法规来重新审视本案：

　　合作开发房地产合同的基本内容是“共担风险”本案所涉的《柳营路45弄地块危棚简屋合作改建协议书》约定了虹房集团以土地使用权作为投资，开发完成后收取固定收益即4000平方米高层住宅及补偿金150万元，双方当事人间的法律关系已经不具备合作开发房地产所应具备的“共担风险”特征。其所收取的固定收益已经成为投入的土地使用权的对价，这与土地使用权转让法律关系的权利义务内容是一致的，因此，当事人的真实意思并不是进行房地产项目的合作开发，而是进行土地使用权的转让和受让。根据2005年8月1日起施行的《最高人民法院国有土地使用权合同纠纷司法解释的理解与适用》第二十四条规定：合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的，应当认定为土地使用权转让合同。因此，根据司法解释本合同应定性为土地使用权转让合同。

　　那么本案合同的效力就应按照土地使用权转让合同的生效要件来认定合同效力。

　　本案所涉的土地使用权是虹房集团通过划拨取得，划拨土地使用权具有其特殊性：1)取得的法定性，即取得划拨土地使用权必须符合法律的规定，并依法经有关部门的批准;2)取得的无偿性，这是划拨土地使用权与出让土地使用权的主要区别之一;3)使用的无期限性;4)权利的受限制性，划拨土地使用权人不能随意处分其划拨土地的使用权。

　　划拨土地的权利受限制性表现在划拨土地在未办理出让手续前不可以进行转让。《划拨土地使用权管理暂行办法》第5条 规定划拨土地未经市、县人民政府土地管理部门批准并办理土地使用权出让手续，交付土地使用权出让金的土地使用者，不得转让、出租、抵押土地使用权。《房地产管理法》第39条规定了以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产报批时，有批准权的人民政府按照国务院规定决定可以不办理土地使用权出让手续的，转让方应当按照国务院规定将转让房地产所获收益中的土地收益上缴国家或者作其他处理。从上述规定可见，国家禁止划拨土地使用权在市场上流转。

　　本案中虹房集团取得以划拨方式取得土地使用权后，与华科公司签订 名为合作开发实为土地使用权转让合同的《柳营路45弄地块危棚简屋合作改建协议书》，由于国家对划拨土地使用权转让的禁止，因此该合同根据《中华人民共和国合同法》第52条之规定因违反法律、行政法规的强制性规定而无效。

　　但是《最高人民法院国有土地使用权合同纠纷司法解释的理解与适用》第十一条、第十二条对转让划拨土地使用权合同提供了两种补正合同效力的途径：

　　一是在起诉前，划拨土地使用权人取得有批准权的人民政府批准，并办理土地使用权出让手续，转让合同认定为有效。此时划拨土地使用权人通过办理土地使用权出让手续，交纳土地出让金后该划拨土地的性质已转为出让土地，依法可以进行转让。

　　二是在起诉前，经有批准权的人民政府同意转让，由划拨土地使用权的受转让人与政府主管部门签订国有土地使用权出让合同，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金后，受让人以出让方式取得土地使用权。在原划拨土地使用权消灭和新的出让土地使用权取得的过程中，实际上发生了政府将划拨土地从原划拨土地使用权人手中收回，再出让给受让人;原划拨土地使用权人同意政府收回其划拨土地的使用权是因为可以得到一定收益，按理政府要给预一定的补偿，但由于政府收回土地的行为源于原划拨土地使用权人将划拨土地使用权转让给受让人，受让方按双方合同应支付相应价款，此笔款项可看作为对原划拨土地使用权人土地使用权被收回的补偿，只是给予补偿的主体是受让方而不是政府，因此双方签订的合同实际上转化为补偿性质的合同。

　　而在本案中， 1997年4月30日上海市虹口区计划委员会批复给华科公司，同意该项目的建设单位调整为华科公司。同年4月30日上海市虹口区城市规划管理局致函华科公司同意将原选址意见书中的户名变更为华科公司，并由华科公司负责柳营路45弄地块的开发改造。但，华科公司未办理户名变更、建设单位调整手续。因此，本案在起诉前虹房集团没有经政府批准办理土地出让手续，该土地仍为划拨性质，不可转让，签订的转让合同无效。而华科公司在取得政府批准后未办理相应的出让手续，将土地直接转至名下，因此该转让合同也无法转化为补偿性质的合同，合同仍为无效。虹房集团与华科公司都未能达到《最高人民法院国有土地使用权合同纠纷司法解释的理解与适用》第十一条、第十二条规定的转化条件，使无效合同转化为有效合同。

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